二战期间，慕尼黑机场也多次遭到轰炸。 1945 年 3 月 24 日，约有 80 架盟军飞机飞往机场区。破坏的目标是机场本身、格隆斯多夫和萨尔姆多夫之间的无线电传输站，以及格隆斯多夫和特鲁德林之间的铁路线以及慕尼黑里姆区周围的地区。

在 1945 年 4 月 9 日至 5 月 1 日期间，随后对新的慕尼黑-里姆机场和慕尼黑-里姆区进行了进一步的空袭。二战末期，慕尼黑机场在 70% 中被毁，导致仅有的两家航空公司瑞士航空和汉莎航空的民用航班不得不在 1945 年 4 月 9 日停飞。

1945年5月，机场被美军占领。美国在草地跑道上架设了一条钢板制成的跑道，这在此之前一直是惯例。