V průběhu druhé světové války bylo také mnichovské letiště několikrát bombardováno. 24. března 1945 na letištní plochu zamířilo kolem 80 spojeneckých letadel. Cílem zkázy bylo samotné letiště, rozhlasová vysílací stanice mezi Gronsdorfem a Salmdorfem a také železniční trať mezi Gronsdorfem a Truderingem a okolí kolem mnichovské čtvrti Riem.

Mezi 9. dubnem a 1. květnem 1945 následovaly další nálety na nové letiště Mnichov-Riem a okres Mnichov-Riem. Na konci druhé světové války bylo mnichovské letiště 70% zničeno, v důsledku čehož musel být 9. dubna 1945 ukončen civilní letový provoz pouze dvou leteckých společností Swissair a Lufthansa.

V květnu 1945 bylo letiště obsazeno americkými jednotkami. USA postavily nad travnatou dráhou dráhu z ocelových plátů, která byla do té doby standardní.