W trakcie II wojny światowej lotnisko w Monachium było również kilkakrotnie bombardowane. 24 marca 1945 r. w rejon lotniska skierowało się około 80 samolotów alianckich. Celem zniszczenia było samo lotnisko, stacja radiowa między Gronsdorfem a Salmdorfem, a także linia kolejowa między Gronsdorfem a Truderingiem i okolicami monachijskiej dzielnicy Riem.

Od 9 kwietnia do 1 maja 1945 r. nastąpiły kolejne naloty na nowe lotnisko Monachium-Riem i dzielnicę Monachium-Riem. Pod koniec II wojny światowej lotnisko w Monachium zostało zniszczone 70%, w wyniku czego 9 kwietnia 1945 roku loty cywilne jedyne dwóch linii lotniczych Swissair i Lufthansa musiały zostać przerwane.

W maju 1945 r. lotnisko zajęły wojska amerykańskie. USA zbudowały pas startowy wykonany ze stalowych płyt nad pasem trawiastym, który do tej pory był standardem.