第二次世界大戦中、ミュンヘン空港も数回爆撃されました。 1945年3月24日、約80機の連合国の飛行機が空港エリアに向かった。破壊の目的は、空港自体、グロンズドルフとサルムドルフの間の無線送信局、およびグロンズドルフとトルーデリングの間の鉄道線、およびリームのミュンヘン地区周辺の周辺地域でした。

1945年4月9日から5月1日までの間に、新しいミュンヘン-リーム空港とミュンヘン-リーム地区へのさらなる空襲が続きました。第二次世界大戦の終わりに、ミュンヘン空港は70%で破壊され、その結果、スイス航空とルフトハンザの2つの航空会社のみの民間飛行が1945年4月9日に中止されなければなりませんでした。

1945年5月、空港はアメリカ軍によって占領されました。アメリカはそれまで通例だった芝生の滑走路の上に鋼板製の滑走路を建てました。