En el transcurso de la Segunda Guerra Mundial, el aeropuerto de Munich también fue bombardeado varias veces. El 24 de marzo de 1945, alrededor de 80 aviones aliados se dirigieron a la zona del aeropuerto. El objetivo de la destrucción era el propio aeropuerto, la estación de transmisión de radio entre Gronsdorf y Salmdorf, así como la línea ferroviaria entre Gronsdorf y Trudering y los alrededores del distrito de Riem en Múnich.

Entre el 9 de abril y el 1 de mayo de 1945, siguieron más ataques aéreos contra el nuevo aeropuerto de Munich-Riem y el distrito de Munich-Riem. Al final de la Segunda Guerra Mundial, el aeropuerto de Múnich fue 70% destruido, como resultado, el 9 de abril de 1945, las operaciones de vuelo civil de las únicas dos aerolíneas Swissair y Lufthansa tuvieron que interrumpirse.

En mayo de 1945, el aeropuerto fue ocupado por tropas estadounidenses. EE.UU. erigió una pista de planchas de acero sobre la pista de hierba que había sido habitual hasta entonces.